1. Na rovině fenomenologie náboženství lze rozlišit tři rozdílné významy mystéria:
a) Mystérium chápané jako tajemství, ukládající povinnost naprosté mlčenlivosti, jež byla praktikována v mysterických náboženstvích. [Pozn. překl.: Aby se předešlo nedorozuměním, vždy nepříjemným, upozorňuji, že když se v textu mluví o helénistických mystériích a jejich kultech, používám adjektivum mysterický/á/é, zatímco když se mluví o mystériích v biblicko-křesťanské tradici, používám adjektivum mysterijní.] Nejtypičtějším příkladem toho jsou eleusínská mystéria a další mysterické kulty. Ty byly esenciálně spjaty s ezoterismem. Když Kniha Moudrosti prohlašuje, že nebude skrývat tajemství moudrosti (srov. Mdr 6,22), je to třeba chápat jako polemickou narážku na povinnost zachovávat tajemství, vlastní ezoterismu mysterických náboženství.
b) Mystérium chápané jako neznalost, jež je důsledkem ještě nedokonalého zjevení, bylo vlastní náboženstvím gnostického typu, jako byl manicheismus. Zjevení proroka Máního tak dokonale překonává všechna zjevení předešlá (buddhistické, zoroastriánské, křesťanské), že jím podávaná gnóze již nevyžaduje víru, ale představuje se lidskému rozumu se vší nutnou jasností a průkazností. Podle gnosticismu není mystérium vlastností náležející samému Božství (ve své podstatě nanejvýš jasnému a srozumitelnému), nýbrž je to pouze důsledek našeho odcizení, způsobeného uvězněním našeho ducha (a duše) ve hmotném těle.
c) Oproti tomu v křesťanství je mystérium skutečnost rozrůzněná:
– je to především sám vnitřní život Boha v jeho trojjedinosti;
– je to též z Otcovy svobody a z jeho nezasloužené a milosrdné lásky od věčnosti vycházející mystérium Krista, v němž a skrze něhož bylo vše stvořeno;
– vinou mystéria nepravosti se celé stvoření odcizilo svému původnímu zaměření ke Kristu;
– proto je mystérium Krista také mystériem spásy,
– jež se zjevuje a uskutečňuje jako dějiny spásy velikým Božími skutky („magnalia Dei“), majícími svůj střed a vrchol ve velikonočním mystériu života, smrti a zmrtvýchvstání Ježíše Nazaretského. On se ve svém zmrtvýchvstání stává plně Pánem a Kristem, čili nevyčerpatelným zdrojem Ducha;
– mystérium ve smyslu velikonočním vyžaduje od všech lidí náležitou odpověď, která spočívá v „rationabile obsequium fidei“ (v „odůvodnitelné poddanosti víře“);
– skrze víru a svátosti (= mystéria) se rodí mystérium církve, která je mystickým tělem Krista, své hlavy; skrze církev se „nové stvoření“, započaté v události Velikonoc, rozvíjí a spěje ke svému završení ve věčné slávě trojjediného Boha.
2. Na rovině biblické teologie:
a) Ve Starém zákoně slovu mystérium přibližně odpovídá hebrejské slovo sod a aramejské raz (perského původu). Ámos (3,7) říká: „Ovšem, Panovník Hospodin nečiní nic, aniž by zjevil svůj sod svým služebníkům, prorokům.“ Daniel odpovídá králi Nabúkadnesarovi: „Tajemství (raz), na které se král ptá, nemohou králi sdělit ani mudrci, ani zaklínači, ani věštci, ani planetáři. Ale je Bůh v nebesích, který odhaluje tajemství (razin) (…) který ti oznámil, co se stane.“ (Dan 2,27-29; srov. 2,18-19.47) Zde se setkáváme s pojetím mystéria, které je dále rozvíjeno v apokalyptické literatuře, kde nabývá významu „božského tajemství“ zcela nedosažitelného lidem, neboť je v něm zašifrován i smysl lidských dějin; pojetí, jež připravuje tak bohatý význam řeckého mystérion u svatého Pavla.
b) V Novém zákoně je slovo mystérion užíváno synoptickými evangelii v souvislosti s Božím královstvím, o němž Ježíš promlouvá k zástupům v podobenstvích, zatímco učedníkům odhaluje jejich skrytý smysl (Mt 13,11; Mk 4,11; Lk 8,9-10). Evangelista Jan vyjadřuje slovy logos a doxa to, co Pavel vyjadřuje pomocí výrazů sofia a mystérion. Kristus opravdu je „Boží moudrost v mystériu“ (Theú sofia en mystério, 1Kor 2,7), „mnohotvará Boží moudrost“ (polypoikilios sofia tú Theú, Ef 3,10) a “mystérium od věků ukryté v Boží mysli“ (Ef 3,9), které „Bůh od věčnosti určil pro naše oslavení“ (1Kor 2,7).
Tuto mysterijní Boží moudrost „nikdo z vládců tohoto věku nepoznal“ (1Kor 2,8); ale Bůh ji zjevil skrze Ducha, který „zkoumá všechno, i hlubiny Boží“ (1Kor 2,10). Zjevení “mystéria, jež bylo odvěkým časům zamlčeno, nyní však zjeveno”, je samo evangelium, které Pavel hlásá (Řím 16,25). Proto se neváhá nazvat „služebníkem“ onoho mystéria, které „v dřívějších pokoleních nebylo lidem známo, tak jako nyní bylo skrze Ducha zjeveno jeho svatým apoštolům a prorokům: totiž, že pohané jsou v Kristu Ježíši povoláni k účasti na témže dědictví, k vytvoření téhož těla” (Ef 3,5-6), totiž církve. Ona je „sloup a opora pravdy“ (1Tim 3,15), „mystérium víry“ (1Tim 3,9) a „veliké mystérium zbožnosti“ (1Tim 3,16), „jež bylo zjeveno v těle, ospravedlněno Duchem, viděno od andělů, hlásáno národům, došlo víry ve světě, bylo přijato do slávy“ (1Tim 3,16).
Také zatvrzelost části Izraele je podle Pavla mystérium (Řím 1,25), v němž se zjevuje paradoxní Boží moudrost (Řím 11,33).
Rozvíjení mystéria spásy v dějinách lidstva je však brzděno „mystériem nepravosti“ (2Sol 2,7): Smrt, poslední nepřítel, bude na konci časů plně přemožena Kristem, až mu Bůh podřídí všechno a až on sám se podřídí Bohu Otci, který mu všechno podřídil, aby byl Bůh všechno ve všem (1Kor 15,20-28).
c) Podle Zjevení 10,7 „se naplní Boží mystérium, jak On oznámil svým služebníkům, prorokům“. Církev očekává završení mystéria Krista, které v ní působí a připravuje „nové nebe a novou zemi“, „příbytek Boží uprostřed lidí“ (Zj 21,1-3).
3. Na rovině systematické teologie jsou některé pravdy v nauce víry nazývány „mysteria stricte dicta“. Jsou to ty pravdy víry, které mohou být poznány jedině skrze nadpřirozené zjevení. (Podle Karla Rahnera jsou jen tři: mystérium trojjedinosti, mystérium vtělení a mystérium milosti a slávy - srov. Über den Begriff des Geheimnisses in der katholischen Theologie, Schriften zur Theologie, sv. VI., str. 99.)
Mystérium po výtce je „imanentní Trojice“, neboli sám vnitřní život Boha rodícího logos (první intratrinitární vycházení) a vydechujícího Ducha Svatého jakožto svébytnou lásku mezi Otcem a Synem (druhé intratrinitární vycházení). „Imanentní Trojice“ se rozvinuje v „Trojici ekonomické“, totiž v „mystériu Boží vůle“ (mystérion tú thelematos, Ef 1,9) „přivést vše pod Krista jako jednotící hlavu” (anakefalaiósasthai, Ef 1,10). To se uskutečňuje skrze dvě poslání “navenek” (ad extra), která odpovídají dvěma vnitrotrinitárním vycházením. Prvnímu vnitrotrinitárnímu vycházení čili „rození“ odpovídá jakožto první poslání „navenek“ mystérium stvoření skrze logos a mystérium vtělení logu v člověka Ježíše Nazaretského. Druhému vnitrotrinitárnímu vycházení čili „vydechování“ odpovídá jakožto druhé poslání „navenek“ mystérium zmrtvýchvstání, ve kterém bylo smrtelné lidství „prvního Adama“ skrze „pomazání Duchem“ přetvořeno v nesmrtelné, oslavené a duchovní tělo (1Kor 15,43-44) „druhého Adama“, „oživujícího Ducha“ (1Kor 15,45) a hlavu svého „mystického těla“ čili církve, jež je „ex unitate Patris et Filii et Spiritus Sancti plebs adunata“ („lid shromážděný z jednoty Otce a Syna a Ducha Svatého“, jak napsal sv. Cyprián).
Velikonoční mystérium, jelikož je zároveň „nové i staré, věčné i časné, porušitelné i neporušitelné, smrtelné i nesmrtelné“ (Meliton Sardský), má dějinnou i naddějinnou dimenzi, které jsou spolu vnitřně spjaty. Historický Ježíš vypil svůj „kalich“ a - „pokřtěn křtem“ kříže (Mk 10,38; Mt 20,22) - byl ve svém zmrtvýchvstání oděn „životem nepomíjejícím“ (Žid 7,16), obdařen „kněžstvím“ podle řádu Melchisedechova (Žid 7,17) a ustanoven „živým kamenem“ „duchovního domu“ (1Petr 2,4-5). Ve velikonočním mystériu tak vtrhává dějinný čas do času eschatologického, takže velikonoční událost se stává spojnicí mezi dějinami a věčností, totiž novou a věčnou smlouvou v krvi Kristově (1Kor 11,25; Žid 8,6-13).
Jakmile se velikonoční mystérium naplnilo a stalo naddějinným, začíná Ježíšovo tělo existovat ve třech odlišných způsobech: ve způsobu „nebeského“ a oslaveného těla „po pravici Otce“; ve způsobu mystického církevního těla putujícího dějinami směrem ke svému konečnému završení ve slávě své hlavy; ve způsobu eucharistického-svátostného těla pod způsobami chleba a vína, které živí mystické církevní tělo a dává mu růst.
Mystérium církve tak spočívá v hlubokém společenství a v interakčním propojení těchto tří forem jednoho jediného Těla Kristova. Liturgické svátostné úkony církve, zvláště křest a eucharistie, jsou mysterijním – nejen symbolickým, ale mysterijně „reálným“ – zpřítomněním velikonoční události smrti a zmrtvýchvstání Krista. Zásluhou „teologie mystérií“(Mysterientheologie) O. Casela a I. Herwegena bylo objeveno staré patristické pojetí liturgického mystéria jako reálného zpřítomnění výkupné události „v mystériu“. Naše spása by nebyla reálná, kdyby také svátostné zpřítomnění výkupné události nebylo opravdu reálné. S reálnou přítomností „podstaty“ těla a krve Kristovy je ve mši svaté přítomna reálně, avšak v mystériu, také výkupná „událost“ smrti a zmrtvýchvstání Krista. Teologické vysvětlení tohoto „reálného zpřítomnění v mystériu“ bylo a stále ještě je předmětem teologických diskusí.
4. Na rovině fundamentální teologie je třeba říci, že křesťanství je určováno mystériem, které mu dalo vzniknout a stále v něm působí. Toto mystérium, jsouc božskou skutečností, která je zároveň skrytá, a přece částečně poodhalená, je pro člověka „světelnou temnotou“ a „nepřístupným světlem“ (1Tim 6,16); je nepochopitelné a zároveň poznatelné. Tento zjevně antinomický charakter se odráží v úkonu víry. Víra chápaná jako úkon rozumu není proto ani čistě iracionální, ani čistě racionální (ve smyslu filosofického racionalismu); její racionalita stále směřuje, v naději (Žid 11,1) a v lásce (1Kor, 13,13), k racionalitě vyšší, k racionalitě Krista zmrtvýchvstalého. V něm byla lidská přirozenost zároveň se svým rozumem pozvednuta do vyššího stavu, v němž je schopna nazírat mystérium trojjediného Boha „tváří v tvář“ (1Kor 13,12; 1Jan 3,2).