Z doby vlády Lucemburků je zaznamenán nejhorší pogrom 18.dubna 1389, kdy pod záminkou, že židovským chlapcem byl znesvěcen kříž nesený křesťany v průvodu, byly v Praze vydrancovány a vypáleny židovské domy a zabito bylo přes 3 000 osob.

Za vlády Jagellonců, v době bojů mezi panovníkem a městy, se Židé pod nátlakem konšelů stávali poddanými městských obcí, které si činily nárok na jejich služby. Když se pokusili vzepřít, města se na králi domáhala jejich vyhnání. Aby židovský obchod byl co nejvíce omezen, byli v roce 1454 vypovězeni z královských měst na Moravě a po příštích 350 let sem směli přicházet jen v určité dny, aniž by směli ve městě přenocovat.

Český sněm vypověděl Židy v roce 1541 a teprve Maxmilián II. jim potvrdil stará privilegia. Od konce 16.století pak habsburští panovníci zaujali vůči Židům tolerantnější postoj, protože potřebovali jejich peníze a zboží pro dvůr, války s Turky a boje s českými stavy.

Až Marie Terezie, údajně kvůli spolupráce Židů s Prusy, Židy v letech 1744 až 1745 opět vypověděla. Vypovězení postihlo nejvíce obyvatele pražského Židovského města, které zchudlo a v roce 1754 podlehlo požáru.

Zákony Josefa II. radikálně zasáhly do židovské samosprávy a zavedly povinný úřední jazyk němčinu. Úřední jednání, záznamy v matrikách, obchodních knihách a výuka školství byly vedeny výlučně v němčině. Díky reformovanému školství kulturní asimilace Židů rychle pokračovala a jejich emancipace v českých zemích byla pak završena zákony v letech 1848-49 a 1867, které odstranily ghetta, daly svobodu pohybu a usídlení a stejná práva jako ostatním obyvatelům. To umožnilo bohatým Židům investovat do průmyslového podnikání. Mnohé v té době založené podniky existují dodnes (např. Sklo Moser, ČKD Kolben, Koh-i-noor, Waldes, lihoviny Jelínek, textilky Porges, Vítkovické železárny, bratři Gutmannové, Rotschild atd.). Židovským obchodníkům byla v té době vyčítána bezohlednost a ziskuchtivost.

Koncem 19.století vypukla v Evropě vlna antisemitismu (ve Francii Dreyfusova aféra, pogromy v Rusku), která se v českých zemích projevila tzv. hilsneriádou. Žid Leopold Hilsner byl obviněn z rituální vraždy mladé dívky v městečku Polná. Pod vlivem mohutného nacionálního a antisemitského tažení českého a německého tisku soud nevinného tuláka odsoudil k smrti. Až zásluhou T.G.Masaryka byl Hilsnerovi trest zmírněn, později byl omilostněn.

V roce 1930 v Čechách žilo 76 301 Židů (1,07% obyvatelstva), na Moravě 41 250 Židů (1,54%). Vetší část jich žila ve městech nad 50 000 obyvatel, téměř každý druhý v Praze.

Po Mnichovské dohodě značná část Židů usilovala o emigraci. Organizovaným vystěhováním se zachránilo jen necelých 26 000 Židů. Odhaduje se, že v protektorátu žilo asi 135 000 osob, které podle norimberských zákonů byly Židy nebo "míšenci".

Obětí holocaustu se stalo přes 80 000 Židů z Čech a Moravy. Přežilo kolem 40 000 lidí včetně těch, kteří se vystěhovali.

Těsně po válce žilo v českých zemích asi 24 000 Židů, z nichž třetinu tvořili přistěhovalci z Podkarpatské Rusi, která byla připojena k SSSR. Obnoveno bylo 59 židovských náboženských obcí a řada synagogálních sborů, které se v důsledku emigračních vln v letech 1948 až 1950 (18 000 osob) a 1968 až 1969 (6 000 osob) rozpadly.

V současnosti mají židovské náboženské obce v Čechách a na Moravě přibližně 3 500 členů, z toho asi tisíc v Praze.