Niou-tchou-cung (Gozu šú)
Jedna z méně vlivných vedlejších linií čínského čchanu, která nepatří k tradičním čchanovým školám. Pochází od čínského čchanového mistra Fa-žunga (Hójú), který byl též zván Niou-tchou (Gozu). Byl žákem mistra Tao-sina (Dóšin), 4. čchanového patriarchy v Číně. Název této školy, která v době Sung (960-1278) zanikla, vznikl podle jména hory Niou-tchou (Volská hlava), kde Fa-žung žil.
Školu Gozu do Japonska přenesl Saičó, zakladatel japonské buddhistické školy Tendai. V Japonsku se škola Gozu nijak zvlášť nerozvíjela a brzy zanikla.

Che-ce-cung (Kataku šú)
Čínská škola čchanu založená Che-ce Šen-chuejem v 8. století. Škola Che-ce, z níž pět generací po Che-ce Šen-chuejovi jako jediném známém mistrovi vzešel Kuej-feng Cung-mi, který je znám jako 5. patriarcha čínské školy Chua-jen, zanikla, aniž by nějak přispěla k rozvoji čchanu.

Pchu-chua-cung (Fuke šú)
Jedna z méně významných vedlejších linií čínské čchanové tradice, která byla založena v 9. stol. excentrickým čínským mistrem Pchu-chuou (Fuke), žákem Pchan-šan Pao-ťiho (Banzan Hóšaku). V této škole, která nepatří ke  goke šičišú, je recitování súter jako meditativní praxe nahrazeno foukáním na bambusovou flétnu (jap. šakuhači).
Škola Fuke byla během doby Kamakura přenesena do Japonska významným japonským mistrem Kakušinem. Přívrženci školy, kteří byli z větší části laici, putovali s bambusovým kloboukem ve tvaru včelího úlu, který skrýval jejich obličej a tím i jejich totožnost, a hráli přitom na šakuhači, jejíž zvuk měl věřícím připomínat buddhadharmu. Říkali jim komusó, mniši prázdnoty. Poté, co se škola Fuke v následující době Tokugawa stala útočištěm samurajů bez pána (jap. rónin), kteří onen mnišský klobouk často zneužívali při svých akcích k maskování, byla škola v době Meidži oficiálně zakázána.

Kuej-jang-cung (Ikjó šú)
Škola čchanu v Číně, která patřila k "pěti školám a sedmi sektám" (goke šičišú), tj. k velkým školám pravé čchanové tradice v Číně. Jméno školy je odvozeno z prvních znaků obou praotců této školy Kue-šan Ling-jüho (Isan Reijú) a jeho pokračovatele v dharmě Jang-šan Chuej-ťiho (Kjózan Edžaku), tedy Kuej+Jang (jap I+Kjo).
Typické pro metodu vyučování ve škole Kuej-jang bylo použití systému 97 do kruhu vepsaných symbolů. Tento systém, který prý sahá až k  Chuej-nengovi (Enó), 6. patriarchovi čchanu v Číně, se nedochoval, ovlivnil však snad vyobrazení "deseti obrázků buvola" a "pět stupňů" (osvícení) mistra Tung-šan Liang-ťiea (Tózan Rjókai). Představují, jak se zdá, něco jako "tajnou řeč", jejímž prostřednictvím si lidé hlubokého čchanového zážitku mohli uvědomit principy čchanu. Protože si čchanoví mistři byli vědomi toho, že zacházení s tímto systémem se může snadno zvrhnout v pouhou formální hru, byl předáván zřejmě pod zárukou přísné mlčenlivosti pouze několika vybraným žákům.
V polovině 10. stol. vyústila linie Kuej-jang do linie předávání školy Lin-ťi a od té doby již neexistovala jako vlastní škola.

Lin-ťi-cung (Rinzai šú)
Jedna z nejvýznamnějších čchanových škol v Číně a zenových v Japonsku. Sahá až k velkému čínskému čchanovému mistrovi Lin-ťi I-süanovi (Rinzai Gigen) a patří ke  goke šičišú. Na počátku 11. stol. se škola Lin-ťi rozštěpila na dvě větve: Jang-čchi-pchaj (Rinzai-Jógi ha) a  Chuang-lung-pchaj (Rinzai-Órjó ha).
Ve škole Lin-ťi je zdůrazňován především kanna zen a tím praxe kóanů jako zvláštní rychlá cesta k realizování osvícení a dokusan, nebo-li setkání žáka s mistrem, kde žák může přednést své problémy, jež se vyskytují při cvičení.

Cchao-tung-cung (Sótó šú)
Vedle školy Lin-ťi nejvýznamnější škola čchanu. Patří ke  goke šičišú a její počátek sahá k velkému čchanovému mistru Tung-šan Liang-ťieovi (Tózan Rjókai) a jeho žákovi Cchao-šan Pen-ťiovi (Sózan Hondžaku). Škola byla pojmenována podle prvních znaků ve jménech obou zakladatelů (Cchao+Tung, resp. Só+Tó).
V 1. polovině 13. stol. byla tradice školy Sótó přenesena jap. mistrem Dógenem Zendžim z Číny do Japonska; tam patří zen školy Sótó vedle zenu školy Rinzai k dosud žijícím nástupnickým liniím zenu. V dnešní době se škola Sótó rozšířila do celého světa, zejména do Ameriky a Evropy.
Zatímco cíl výcviku v obou školách je v podstatě tentýž, odlišuje se zen škol Sótó a Rinzai ve způsobu výcviku - i když ani zde nejsou hranice ostré. V zenu školy Sótó je silněji zdůrazňován mokušó zen a tím praxe šikantazy; dokusan, jeden z nejdůležitějších prvků zenového výcviku, zde neexistuje již od poloviny období Meidži.

Jün-men-cung (Ummon šú)
Škola čchanu, která počíná u velkého čchanového mistra Jün-men Wen-jena (Ummon Ben´en). Patří k "pěti školám" (goke šičišú) čchanu v Číně a dala světu mj. velkého mistra Süe-tou Čchung-siena (Seččó Džúken), který sebral a slavnými pochvalnými výroky opatřil kóany, jež byly později vydány Jüan-wu Kche-čchinem (Engo Kokugon) v  Pi-jen-lu. Süe-tou byl zároveň posledním významným mistrem školy Jün-men, která od poloviny 11. stol. upadala a ve 12. stol. nakonec zanikla.

Fa-jen-cung (Hógen šú)
Škola čchanu v Číně, která patřila k "pěti školám a sedmi sektám" (goke šičišú), tj. k velkým školám pravé čchanové tradice v Číně. Vychází původně ze školy Süan-ša, kterou založil čchanový mistr Süan-ša Š´-pej (Genša Šibi), později však byla přejmenována podle mistra Fa-jenWen-i (Hógen Bun´eki), jednoho z nejvýznamnějších mistrů své doby. Škola Fa-jen byla na vrcholu po tři generace, avšak upadla a po páté generaci zanikla.

Chuang-lung-cung (Órjó šú)
Též Chuang-lung-pchaj (Órjó ha).
Linie čchanu školy Lin-ťi, která má počátky u čchanového mistra Chuang-lung Chuej-nana (Órjó Enan). Patří k "sedmi školám" (goke šičišú) čchanu v Číně a byla jako první škola zenu přenesena Eisai Zendžim do Japonska. V Číně stejně jako v Japonsku zanikla po několika generacích. Poněvadž linie Órjó pochází ze školy Rinzai, je též nazývána školou Rinzai-Órjó.

Jang-čchi-cung (Jógi šú)
Též Jang-čchi-pchaj (Jógi ha)
Čínská čchanová škola, která počíná u čchanového mistra Jang-čchi Fang-chueje (Jógi Hóe). Patří k "sedmi školám" (goke šičišú) čchanu v Číně a je významnější z obou linií, na něž se škola Lin-ťi rozdělila po mistrovi Š´-šuang Čchu-jüanovi (Sekisó Soen). Jako tradiční linie Rinzai zenu bývá nazývána též linie Rinzai-Jógi.
Škola Jang-čchi dala světu významné čchanové a zenové mistry, jako Wu-men Chuej-kchaje (Mumon Ekai), kompilátora Wu-men-kuanu, jehož žáci a dharmoví pokračovatelé (mezi nimi i Kakušin) přenesli zen linie Rinzai-Jógi do Japonska, kde je dodnes živý. V dnešní době se Rinzai zen, vycházející z větve Jógi, rozšířil do celého světa, především do Ameriky a Evropy.
Když čchan v Číně na konci sungské doby pomalu upadal, stala se linie Lin-ťi Jang-čchi jakousi sběrnicí všech ostatních čchanových škol v Číně, jež ztrácely stále více na významu a nakonec zanikly. Po spojení s buddhistickou školou Čisté země, ztratil čchan v Číně během mingské doby typický charakter čchanu a tím přestal existovat jako pravá nástupnická linie buddhadharmy "od srdce-ducha k srdci-duchu".

Paj-jün-cung (Hakuun šú)
Nevýznamná vedlejší linie čchanu (původně odnož čín. buddhistické školy Chua-jen), založená čínským mistrem Čching-ťüem (Šókaku), která je v zenové tradici pravé dharmy považována za heretický odštěpek. Vznikla za dynastie Severní Sung a opět zanikla na počátku dynastie Ming ve 14. stol. Její jméno je odvozeno od kláštera Paj-jün v Chang-čou, v němž Čching-ťüe žil.

Otokan šú
Linie jap. zenu školy Rinzai, která vychází od tří velkých zenových mistrů Nampo Šómjóa (též Daió Kokuši), Mjóčó Šúhóa (též Daitó Kokuši) a Kanzan Egena (též Musó Daiši). Jméno školy je odvozeno z posledních znaků slov "Daió" a "Daitó" a prvního znaku jména "Kanzan". Nejvýznamnější zenový mistr a velký reformátor zenu Rinzai v Japonsku, Hakuin Zendži, je součástí tradice této linie předávání.
Většina dnešních japonských zenových mistrů vychází z linie této školy.

Óbaku šú
Vedle škol Rinzai a Sótó třetí škola zenu v Japonsku. Vychází od čínského čchanového mistra Jin-jüan Lung-čchiho (Ingen Rjúki), který založil v polovině 17. stol. v Udži u Kjóta její hlavní klášter Mampukudži. Jeho žák a následník v dharmě Mu-an Sing-tchao (Mokuan Šótó), který založil v roce 1671 klášter Zuišódži v blízkosti Tokya, přispěl k rozšíření zenu v této oblasti. Teprve až v roce 1876 byla tato linie oficiálně uznána za školu Óbaku.
Škola Óbaku je vedlejší linií školy Rinzai, postrádá však v dnešním Japonsku dosud aktivní kláštery, a je proto nejméně vlivnou školou zenu v Japonsku.

Harada-Jasutani
též Sanbo Kjodan ("Tři Poklady"); škola zenu, která byla ustavená v Japonsku prostřednictvím D. S. Harada róšiho a jeho žáka, dědice v dharmě a blízkého spolupracovníka H. R. Jasutani róšiho. Škola je jedna z nejmladších a nejmenších (asi 3000 přívrženců v 1984) buddhistických organizací v poválečném Japonsku. Je však velmi aktivní. Spojují se v ní prvky škol Sótó a Rinzai, neboť Harada róši je pokračovatel v dharmě obou těchto linií zenu.

Nidai Daruma šú
"Japonská Bódhidharmova škola", nevýznamná škola Rinzai zenu, kterou založil japonský zenový mistr Dainiči Nónin ve 13. stol. Tato škola smíchala prvky zenu a školy Tendai, a měla pouze krátké trvání. Mezi Nóninovi nejvýznamnější žáky patří Koun Edžó, který se později stal 2. patriarchou školy Sótó v Japonsku.

Kwan Um
Zenovou školu Kwan Um založil v USA v roce 1983 korejský zenový mistr Seung Sahn. Je rozšířena po celém světě a sdružuje asi 60 zenových center a skupin. Vychází z tradice korejského zenového buddhismu, který se v zemi svého původu praktikuje od 12. století, a který vychází z čínské školy Lin-ťi (Rinzai). Toto učení je uzpůsobené do podoby přístupné současnému člověku. Kwan Seum Bosal (zkráceně Kwan Um) je korejský název bódhisattvy soucitu - "Ten, kdo vnímá pláč tohoto světa" a odpovídá soucítěním a pomocí.